Испания, 1944 год. В густых лесах северной Наварры партизаны ведут отчаянную борьбу против фашистского режима. Десятилетняя Офелия, мечтательная и одинокая девочка, прибывает с беременной матерью Кармен в военный лагерь к своему отчиму — капитану Видалю. Жестокий офицер армии Франко, Видаль безжалостно преследует повстанцев, стремясь очистить регион любой ценой. В этом суровом мире Офелия находит утешение в сказках и волшебных историях.
Однажды она обнаруживает рядом с домом древний заброшенный лабиринт. Там её встречает фея, которая приводит девочку к Фавну — хранителю подземного царства. Загадочное существо раскрывает Офелии её истинную сущность: она — потерянная принцесса волшебного королевства, которую отец искал веками. Чтобы вернуться домой, Офелия должна до полнолуния выполнить три испытания, храня свою миссию в строжайшей тайне ото всех.